Struktur Protein

STRUKTUR PROTEIN

I. PENDAHULUAN

Semua organisme menggunakan protein untuk melakukan sejumlah fungsi yang penting untuk kehidupan. Protein merupakan suatu senyawa yang umum dalam biologi sebagai suatu pertanda kehidupan. Unsure yang umum untuk protein yang ada unsure N d samping unsur lainnya seperti C, H dan O. Kata protein berasal dari kata proteus artinya yang utama. Protein yang terdapat dalam tumbuhan disebut protein nabati dan yang berasal dari hewan di sebut protein hewani.

II. PENGERTIAN

Protein merupakan kumpulan dari asam – asam amino yang satu sama lainnya di hunbungkan oleh ikatan peptide.

Protein tersusun dari berbagai asam amino yang masing-masing dihubungkan dengan ikatan peptida. Meskipun demikian, pada awal pembentukannya protein hanya tersusun dari 20 asam amino yang dikenal sebagai asam amino dasar atau asam amino baku atau asam amino penyusun protein (proteinogenik). Asam-asam amino inilah yang disandi oleh DNA/RNA sebagai kode genetik.

Asam Amino merupakan turunan dari asam karboksilat, satu atom H digantikan oleh gugus NH₂. Pada umumnya, atom H yang digantikan tersebut terletak pada atom C posisi alfa (a) di samping itu, pengertian protein dapat protein dapat pula di pandang dan turunan amina, 1 atom H dari amoniak (NH₃) di gantikan oleh asam karboksilat.

Berikut adalah ke-20 asam amino penyusun protein (singkatan dalam kurung menunjukkan singkatan tiga huruf dan satu huruf yang sering digunakan dalam kajian protein), dikelompokkan menurut sifat atau struktur kimiawinya:

·         Asam amino alifatik sederhana

·         Asam amino hidroksi-alifatik

·         Asam amino dikarboksilat (asam)

·         Amida

·         Asam amino basa

·         Asam amino dengan sulfur

·         Prolin

·         Asam amino aromatik

·         Asam Amino merupakan turunan dari asam karboksilat, satu atom H digantikan oleh gugus NH₂. Pada umumnya, atom H yang digantikan tersebut terletak pada atom C posisi alfa (a)

·       di samping itu, pengertian protein dapat protein dapat pula di pandang dan turunan amina, 1 atom H dari amoniak (NH₃) di gantikan oleh asam karboksilat.

Ada beberapa fungsi yang berperan  penting  protein, di antaranya :

Ø  Sebagai kalisator

Ø  Sebagai molekul karier

Ø  Sebagai reseptor signal biologik, dan

Ø  Sebagai komponen struktual

Karena protein memerantai banyak proses biologis yang penting sifat – sifatnya menentukan banyak sifat system hidup.

Tingkatan Struktur Protein

Protein mempunyai 4 tingkat struktur yaitu :

A.      Primer

B.      Sekunder

C.      Tersier

D.      Kuarterner

A.    Struktur Primer Protein adalah urutan linear asam amino dari terminal N samapa terminanal C. struktur primer protein menentukan identitas, tubuh manusia mengdukung beribu – ribu spesies protein, seperti hemoglobin, pembawa oksigen dalam darah dan tripsin, suatu enzim pencernaan yang di hasilkan oleh pankreas. Struktur protein juga menentukan pelipatan rantai polipeptida, jadi struktur primer protein mengatur struktur sekunder, tersier dan kuartener protein.

Struktur primer suatu protein semata adalah urutan linear asam aminonya di satukan oleh ikatan peptida yang mencakup lokasi setiap ikatan disulfida an tidak terjadi percabangan rantai, jumlah rangkaian protei yang di ketahui tersebut tidak mungkin di catat dalam bentuk cetakan tetapi kini di dalam database elektronik rangkaian protein yang bias di akses lewat internet.

B.  Struktur Sekunder Protein terdiri atas gambaran lipatan local dalam suatu bagian rantai polipeptida. Struktur sekunder terutama distabilkan oleh ikatan H yang terdapat antara gugus NH dan CO dari rantai peptida. Suatu polipeptida cenderung membentuk struktur sekunder karena regularitas rangka rantai dank arena struktur sekunder membuat maksimal jumlah ikatan H yang dapat di bentuk. Pada protein terrentu,lebih dari dari 60% residu asam amino berperanan dalam 3 jenis struktur  sekunder – heliks, pleated sheets dan reverse turn.

a HELIKS

Pada suatu a heliks, berbentuk ikatan hydrogen antara masing – masing atom oksigen karbonil pada suatu ikatan pertidadengan hydrogen yang melekat ke atom nitrogen amida pada suatu ikatan peptide 4 residu asam amino sepanjang rantai polipeptida.-

β SHEET

Konformasi regular yang kedua terdapat pada lembaran terlipat struktur β atau β pleated sheet. Symbol β menunjukan bahwa struktur regular kedua yang di jelaskan. Istilah lembaran terlipat (pleated sheet) menunjukkan penampakan struktur tersebut kalau di lihat dari pinggir atas.

C.   Struktur Tersier Protein adalah pelipatan secara keseluruhan suatu rantai polipeptida. Struktur tersier menggambarkan pengaturan ruang residu asam amino yang berjauhan dalam urutan linear dan poa ikatan – ikatan disulfida, merupakan konformasi tiga dimensi keseluruhannya. Istilah stuktur tersier mengacu pada hubungan special antar unsure struktur skunder. Pelipatan polipeptida pada suatu domain biasanya terjadi tanpa tergantung pada pelipatan domain lainnya. Struktur tersier menjelaskan hubungan antara domain ini, cara di mana pelipatan protein dapat menyatukan asam amino yang letaknya terpisah dalam pengertian struktur primer dan ikatan yang menstabilkan konformasi ini.

D.  Struktur Kurterner Protein adalah susunan polipeptida bersama – sama dalam kompleks rantai multipel (multichain). Kompleks polipeptida ini saling diikat oleh ikatan yang sama, yang menetukan lipatan masing – masing polipeptida. Permukaan di mana 2 polipeptida saling mengadakan interaksi satu sama lain adalah sesuai, menunjukkan bentuk, muatan dan polaritas komplementer.

Struktur Kurterner Protein menggambarkan pengaturan subunit protein dalam ruang. Protein dengan dua atau lebih rantai polipeptida yang terikat oleh kekuatan nonkovalenakan memperlihat kan struktur kovalen. Dalam protein multimerik ini, masing – masing rantai polipeptida di sebut protomer atau subunit. Subunit tersebut di satukan oleh jenis interaksi nonkovalen yang sama yang berperan dalam struktur tersier yaitu interaksi elektrostatik dua hidrofobil serta ikatan hydrogen. Protein yang tersusun dari dua atau empat subunit masing – masing di sebut protein di merik atau tetramerik.

Berbagai protein yang berbeda dapat di ciptakan dari hanya 20 asam amino yang umum, karena asam amino dapat saling berkatan dalam banyak kombinasi yang berbeda. Perbedaan dalam urutan asam amino di sepanjang rantai polipeptida menyebabkan pembentukan struktur tiga dimensi yang berbeda

Sifat – sifat struktual protein di anggap berada 4 buah susunan yaitu primer, sekunder, tersuer, dan (hanya untuk protein oligomerik) kuartener. Struktur primer , rangkaian asam amino di kode dalam gen. struktur sekunder dan tersier yang berkenaan dengan konformasi protein yang keberadaannya di mungkinkan lewat iktan peptida, di tentukan oleh struktur primer.

Struktur sekunder menjelaskan pelipatan rantai polipeptida rantai polipeptida menjadi multipikasi motif motif terikat hydrogen seperti a heliks, β sheet. Struktur tersier berkenaan dengan hubungan antar domain structural sekunder dan antar residu yang letaknya terpisah jauh dalam pengertian struktur primer. Struktur kuartener yang hanya terdapat dalam protein dengan dua atau tiga rantai polipeptida (protein oligomerik) menjelaskan titik kontak dan hubungan lainnya antara polipeptida atau subunit ini.